エナメル質は無機質が多く、人体で最も硬い組織であるが、いくつかの理由により脱灰される。最も大きな理由は砂糖の摂取による物である。
口腔内には多くの種類の細菌（口腔常在菌）が多数含まれており、砂糖の主成分であるスクロースが口腔内に広がった際、一部の口腔常在菌はスクロースに働き、乳酸を産生する。この乳酸が口腔内のpHを低下させる事でう蝕が進行する。（詳細についてはう蝕の項目を参照）
う蝕が進行し、エナメル質が、細菌の進入を防ぐことが出来なくなれば、エナメル質の下の象牙質も同様になる。象牙質はう蝕の進行がエナメル質より早く、健全なエナメル質を支持する象牙質がう蝕によって破壊された場合、エナメル質はその脆性のため、容易に歯から破折してしまう。
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エナメル質は、他の破壊的な力にも弱い。歯ぎしり、噛みしめ等により、エナメル質は非常に早く破壊される。咬耗によるエナメル質の減少は正常で有れば年間8マイクロメートルである。一般に誤解されていることとして、エナメル質がすりへる主要な原因は咀嚼によるものだということがある。しかし、現実には、歯は咀嚼中滅多にふれあわない。さらに、正常な咬合で有れば、歯周靱帯や咬合の配置により、生理学的に補われる。本当に破壊的な力は、歯ぎしりのような動作である。これはエナメル質に復元不可能な損害をもたらす。